İHOP’un karar alma mekanizması, tam üye örgütlerin yönetim kurulları tarafından belirlenen ikişer kişinin oluşturduğu İHOP Yürütme Kurulu’dur. İHOP Yürütme Kurulu, olanaklar çerçevesinde yılda en az on kez bir araya gelerek yürütme kurulu toplantısı yapar. Kurulun aldığı kararlar, profesyonel ve gönüllü çalışanlardan oluşan bir sekreterya tarafından yerine getirilir. Sekreterya, Genel Koordinatör tarafından temsil edilir. Genel Koordinatör, İHOP Yürütme Kurulu toplantılarının daimi katılımcısıdır.